Существует несколько вариантов происхождения фамилии:
По Унбегауну старинная татарская фамилия, восходящая к эпохе Московского княжества, связанная с татарским игом в России (1240-1480), происходит от слова со значением "Маленький господин".
Прозвище от тюркских слов "коч" и "бей", то есть "кочевой бей" (князь).
Также при изучении происхождения фамилии стоит обратить внимание на название крепости Хаджи-бей (современная Одесса), которая в источниках также называется Каджи-бей или Качу-бей.
Кочубе́и — княжеский и дворянский род, происходящий от татарина Кучук-бея, выехавшего на Украину в середине XVII века и принявшего с крещением имя Андрея.